Definida como cultivo de organismos aquáticos, a aqüicultura além de ser uma alternativa de diversificação da pauta de produção da agricultura familiar, surge como um novo item no agronegócio da Bahia. A Bahia Pesca desenvolve as seguintes ações no campo da aqüicultura:

• assistência técnica e extensão rural;
• elaboração de projetos;
• apoio à organização social da produção;
• qualificação e requalificação de mão-de-obra;
• implantação de projetos produtivos de apoio à atividade (unidades de beneficiamento e comercialização de pescado, fábricas de gelo, etc);
• apoio à obtenção das licenças ambientais;
• mapeamento de áreas com potencialidade para implantação de projetos aquícolas;
• desenvolvimento de tecnologia de produção;
• estudos aplicados ao cultivo de novas espécies de interesse econômico;
• implantação de projetos produtivos comunitários;
• interação com órgãos de pesquisa (institutos, universidades, etc.);